Байкальский Музей ИНЦ СО РАН создан в 1993 г. на базе существовавшей ранее Байкальской экспозиции Лимнологического института СО РАН.
Байкальский музей, один из трех существующих ныне музеев озер в мире и единственный в России, расположен на берегу оз.Байкал, у истока реки Ангары, привлекает внимание всех приезжающих в Сибирь и на Байкал, входит в список всероссийских туристических маршрутов. Созданный большим коллективом учёных-байкаловедов, освещает сбалансиро-ванную экологическую систему самого большого хранилища пресной воды на Земле. Уникальность коллекций, длительный ряд наблюдений за природой озера, высокая культура показа делает музей оригинальным и наиболее посещаемым в области.
Основная научная задача музея состоит в сборе, хранении и монографическом описании коллекций байкальских гидробионтов.
Особое значение имеет систематизация и сохранение генофонда эндемичной байкальской флоры и фауны. За годы существования музея собрано 17 видов коллекций, содержащих более 16 тыс.единиц хранения.
Наиболее ценные коллекции байкальских организмов прошлого века: амфиподы (сборы 1949-59 гг.), скелеты бычковых рыб (1933-53 гг.), остракоды (1955-1968 гг.), различные виды гидробионтов (1906-1962 гг.), Байкальские рыбы, ручейники, амфиподы, моллюски, паразиты рыб, изоподы, губки, гербарий высших растений Байкальского региона, водоросли Байкало-Ангаро-Енисейского региона, их препараты (1993- 2006).
Другая, не менее важная задача, - научно-просветительская. В экспозициях музея хранятся и демонстрируются новейшие результаты исследований по всем разделам естественных наук о Байкале и его регионе.
За последние 13 лет в Байкальском музее побывали, прослушали лекции и экскурсии более 800 тыс.человек.
В музее существуют четыре крупные экспозиции:
I. Аквариумная, состоящая из демонстрационной, карантинной и экспериментальной частей, запущена в эксплуатацию в 2004 году. Уникальная система водообмена в аквариумах не имеет аналогов в мире, использует природную Байкальскую воду без очистки, поступающую с глубины более 400 м. Таким образом, аквариумы Байкальского музея являются частью самого Байкала и представляют собой уникальную научную базовую установку для центра коллективного пользования ИНЦ СО РАН.
II. Виртуальное погружение на дно Байкала или "Батискаф" даёт возможность увидеть и почувствовать Байкал, став участником путешествия в его водную среду по подводным склонам и дну вплоть до максимальных глубин.
III. Дендропарк, расположенный на территории, прилегающей к зданию музея является живой экспозицией, отражающей растительный мир Байкальского региона, в частности, уникальные ландшафты и редкие, исчезающие и полезные растения. Дендропарк - модельная территория, сохраняющая природную среду, и экспериментальная школа для студентов и туроператоров. Планируется создание живой экспозиции тропических и субтропических растений мира (зимнего сада).
IV. Байкальский музей, используя все накопленные знания и сведения о прошлом, настоящем и будущем Байкальского региона, продолжает реконструкцию и создает новую экспозицию <Развитие жизни на фоне геологической эволюции>, которая демонстрирует развитие Земли от <большого взрыва> до наших дней, включая подробные сведения об истории происхождения и существования Байкала. В экспозиции будут использованы новейшие способы демонстрации: мультимедийные, голографические и наблюдения в режиме реального времени. Наблюдения в режиме реального времени позволят посетителям увидеть заповедные уголки дикой природы и их обитателей в любое время года. Благодаря этому появится возможность осуществлять непрерывный мониторинг байкальских организмов и окружающих условий. Особое внимание будет уделено изучению байкальского тюленя - нерпы: выяснению биологии этого вида, оценке численности и распределению популяции по акватории Байкала.
Музей постепенно становится Байкальским научно-образовательным центром. Функционирует байкальская экологическая школа, создана передвижная выставка "В гостях у седого Байкала"; проводятся конкурсы, конференции, научные семинары и олимпиады по байкаловедению. Издан альбом "Неповторимый Байкал"; монография "Паразиты рыб озера Байкал" (фауна, сообщества, зоогеография, история формирования).
Музей активно занимается пропагандой новейших достижений в области энергосберегающих технологий. Институтом теплофизики СО РАН, при поддержке академика В.Е.Накорякова в музее установлена новейшая тепло-обеспечивающая установка <Тепловой насос НТ 60-1>, позволяющая снизить затраты на отопление музея в 2,5 раза за счет тепла байкальской воды, сбрасываемой из аквариумной установки. Планируется превратить здание в объект, использующий только чистые, энергосберегающие технологии и демонстрирующие их достоинства. По проекту здание музея будет расположено под пирамидой из стекла с вставками из солнечных батарей и рекуператоров. Это позволит получить дополнительные экспозиционные площади и устроить зимний сад.