Священный Байкал, как и положено «морю», имеет свои острова. Официально их 22, некоторые исследователи утверждают, что около 30, в других источниках говорится о 47… Вопрос, видимо, в том, считать или нет островами небольшие каменные площадки, вкрапленные в байкальские воды. В любом случае, почти все острова так малы, что едва ли их можно обозначить на самой детализированной карте. На этом фоне Ольхон выделяется, в том числе, и своими масштабами. Являясь крупнейшим байкальским островом (площадь 700 км²), Ольхон вытянулся вдоль побережья на 71,7 км, наибольшая ширина его составляет 14 км.
По характеру рельефа Ольхон – гористый остров. Он расположился в средней части озера, ближе к его западному берегу, вместе с которым окаймляет обширную мелководную часть Байкала с особым микроклиматом – Малое море (или, по-бурятски, «Нарин-Далай», то есть «Узкое море»). А юго-запад отделен от «материка» проливом Ольхонские Ворота, известным своим коварным характером. Этот небезопасный и почти всегда ветреный, с очень мощным течением пролив старожилы называют кладбищем затонувших кораблей. Здесь часто поднимается сильнейшее волнение – волны иногда достигают пятиметровой высоты.
Западный берег Ольхона, омываемый водами Малого Моря, невысокий, холмистый, в основном пологий и богат бухточками с песчаным дном. Восточный, напротив, горный, с крутыми скалистыми обрывами до 80 м высотой. Здесь расположена самая высокая точка острова гора Жима (1274 м), а в 11 километрах зафиксирована наибольшая глубина Байкала (1637м). Южная часть Ольхона степная, весной и в начале лета глаз радуют высокие травы и пышные луга. Ближе к северу остров покрыт лесами – преобладают лиственница, сосна, береза и осина.
В лесах можно встретить ключи, дающие жизнь болотцам и нескольким небольшим ручейкам. Рек на Ольхоне нет, зато имеются озера, самые известные из которых Ханхой, Нурское, Шара-Нур и Нуку-Нур. Почти на всю глубину заросшее водорослями озеро Ханхой или Холой-Нур («холой» в переводе с бурятского – «горло», «нур» – «озеро») считается прекрасным местом для рыбалки, здесь водится сорога, окунь и щука (попадаются очень внушительные щуки весом более 10 кг!), а также экскурсий – вблизи много археологических памятников. Соединенное с заливом Загли узкой протокой озеро Нурское с берегами, густо заросшими водной травой рдестом, хорошо прогревается летом, но из-за илистого дна вода не так прозрачна, как в Байкале. Славящееся своими целебными свойствами соленое озеро Шара-Нур (Желтое озеро), грязи из которого помогают при артритах и других заболеваниях, единственное озеро Ольхона с минерализованной водой. Озеро Нуку-Нур представляет собой скальную воронку, наполненную очень теплой водой, в которой практически невозможно искупаться из-за изобилия рыбы и прочей озерной живности.